公司起诉员工的流程如下：
准备起诉材料
公司应当准备起诉书，明确诉讼请求、事实和理由，并按照被告人数提交相应份数的副本。
收集并提交相关证据，如劳动合同、工资单、银行转账记录、仲裁裁决书等。
提交起诉书及证据
用人单位带着仲裁裁决书和起诉书到基层法院立案庭立案，提交相关证据材料。
立案庭审查材料，符合立案条件的，同意立案，并下发立案回执。
缴纳诉讼费
公司需要按照法院要求缴纳诉讼费。
等待法院通知
法院在立案后，将起诉状副本发送给被告，并要求被告在规定时间内提交答辩状。
法院确定开庭时间，并通知双方当事人。
开庭审理
在法院主持下，双方当事人进行证据展示、质询和辩论。
法官进行调解，如果调解不成，则由法院判决。
执行判决
如果败诉方不主动履行生效裁判文书确定的义务，胜诉方可以依法申请强制执行。
公司起诉员工的基本流程，建议在起诉前咨询专业律师，以确保流程顺利进行并维护公司合法权益。
