宠物店最怕的部门主要包括 工商部门和公安机关。
工商部门
工商行政管理机关负责监督检查市场主体的交易活动，查处垄断和不正当竞争、侵犯消费者权益和其他市场交易违法、违章案件等。因此，如果宠物店存在违规经营行为，如销售假冒伪劣商品或违反消费者权益保护法，可以直接向工商部门投诉，工商部门会依法进行处理。
公安机关
当地公安机关负责养犬管理，宠物店需要遵守相关的养犬规定。如果宠物店或宠物造成他人损害，公安机关有权介入调查并追究责任。
此外，宠物店还可能面临其他政府部门的监管，如畜牧兽医行政管理部门、城管部门、居委会和物业等，但工商部门和公安机关是最主要和直接相关的两个部门。
