违章一千多分怎么处理

根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证，并要求驾驶人参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习，之后进行考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。拒不参加学习，也不接受考试的，由公安机关交通管理部门公告其机动车驾驶证停止使用。

因此，不存在违章扣1000分的情况，最多只能扣12分。如果您的驾驶证被扣到12分，需要按照上述规定进行处理。